Staden har uppkallats efter fältmarskalken Jakob De la Gardie, som hade fått Pedersöre i förläning av Karl IX i början av 1600-talet. Hans änka Ebba Brahe grundade staden. I traktens dialekter användes ortens gamla namn Pedersöre till mitten av 1900-talet. Senare har mer eller mindre slangartade former bildats: Jeppastan, Jeppis. I finskan används fortfarande sockennamnet även på staden: Pietarsaari. Landskommunens finska namn är däremot enligt ett regeringsbeslut 23.2.1989 Pedersöre.
Jacobs stadh 1652
Finska: Pietarsaari